随着温差加大，气温开始下降，土壤湿度增大，当前部分棉田较普遍地发生了黄萎病，而且有加快蔓延和加重发展之势。症状表现多样化，还有的和枯萎病混发，很难区分开。现在多数棉田发病程度还不太严重，病叶出现在中下部和少数棉株；但少数地块病情严重，有的甚至叶片和花蕾开始脱落或突然萎蔫死亡。这样的地块大多为多年连作又不施有机肥、瘠薄缺肥地、严重缺钾地、低洼粘湿地、整地粗放或除草剂为害致使根系发育不良、中下部结铃多没有及时补充营养的地块。症状出现在8月份，但根源却是前中期管理不当造成的。
一、黄萎病发生的原因
1.棉花品种和黄萎病原问题
外引棉花品种造成棉花大面积发病。这是造成黄萎病大面积发生的主要原因。一些棉花品种未在本地试种，直接大面积推广而造成棉田大面积发病。一方面是外引棉花品种抗病耐病性差所致；另一方面外引的棉花品种抗耐黄萎病生理小种不同，而本地为强致病性黄萎病病种。
2.连作问题
目前新疆棉花产区多为十几年或二十几年棉花连作区。加之棉花秸秆秋季多为粉碎入田，黄萎病病菌常年累积，病菌数量多，形成病田。另一方面连续种植棉花使土壤肥力消耗过大，如果肥力得不到有效补充，将极大影响棉花的正常生长，而降低了其抗病抗逆的能力。
3.肥料和农药投入不当问题
偏施化肥严重，有机质缺失，也会诱发棉花黄病发病。有机质多的棉田，棉花黄萎病相对发病轻。长期大量施入化肥特别是氮肥使用过多导致土壤的有机质减少、土壤微生物生态遭受破坏。农药和化肥等化学制剂的使用会破坏土壤团粒结构、理化性质，使土壤生态环境破坏，促使棉花黄病病害发病重，还有抗药性积累、残留等一系列问题，造成恶性循环，加大防治难度。
二、棉花黄萎病的防治技术
一、合理轮作倒茬。
有条件的棉田要轮作倒茬，好水旱轮作或与禾本科作物轮作，可有效降低土壤中病菌残留。或进行每年的秋耕冬灌，格田灌溉也能极大减轻病残体上的枯黄萎病菌。
二、加强棉花的生育期管理，增强抗病能力
科学灌水、施肥，增施有机肥，平衡配方施肥，尤其是氮磷钾肥合理搭配，可增强棉花抗病能力、减轻枯黄萎病危害。也可及时棉田的发病棉田的残枝落叶，可减轻病害的发生。
三、化学农药防治方法
枯草芽孢杆菌-大根脚-农利达
产品性能（用途）：
本品是活体细菌制剂，与棉籽拌种后，能够在棉籽、棉根表面和植株体内定殖和传导，并随着根茎叶的生长而扩展繁殖，保护新根不受病菌侵染。本品产生的抗菌蛋白物质有拮抗和杀菌作用，对黄萎病菌有抑制作用。本品对黄萎病菌有抗生作用营养与空间竞争、有效定殖、提高抗病性的综合作用，在黄萎病发生中后期使用本品喷雾可减缓病菌危害。
注意事项：
1、不能和防治细菌制剂如：铜制剂、402或农用链霉素等混用。
2、远离水产养殖区施药，禁止在河塘等水体中清洗施药器具，避免污染水源。蚕室及桑园附近禁用。
3、使用本品时应穿戴防护服和手套等，避免吸入药液。施药期间不可吃东西和饮水。
4、施药后应及时洗手和洗脸等。
5、孕妇及哺乳期妇女禁止接触本品。
6、用过的容器应妥善处理，不可做他用，也不可随意丢失。